3.1 項目分類管理
按照來源的不同，科研生產項目分為國家項目、縱向項目、橫向項目、院控項目四類（其中縱向項目又分為科技開發(fā)部項目、油田先導項目等）；按照性質的不同，科研生產項目分為重大項目和一般項目。國家項目包括國家重大專項、973計劃、863計劃、國土資源部戰(zhàn)略選區(qū)項目、國家自然科學基金等，按照相關部委有關文件的要求進行管理；縱向、橫向、院控項目在立項、過程管理、驗收（鑒定）、后評估、歸檔等階段執(zhí)行科研生產項目管理的相關流程。
3.2 質量分級控制
不同類別項目的質量控制實行分級管理，其中重大項目執(zhí)行三級質量審查，即：項目組自評(第一級質量審查）、科研部門審查(第二級質量審查）、學術委員會審查(第三級質量審查），以第三級審查評審組組長的簽字意見作為提交甲方審查的依據；一般項目執(zhí)行二級質量審查，即：項目組自評、科研部門審查，由項目主審人組織評審，以項目主審人的簽字意見作為提交甲方審查的依據�？蒲校ㄉa）管理部派人參加評審。
3.3 加強過程管理
通過提高信息化手段，完善科技網功能，實現了項目過程管理業(yè)務流程固定化、待辦任務可視化和完成任務時限化，有力地保障了各項制度和流程的忠實執(zhí)行，大大提高了管理效率。兩年來，項目質量明顯提高，科研生產項目各階段研究成果在科技網的上傳率由40%上升到95%以上，及時率由30%上升到95%以上。
科研生產項目已實現了全過程的信息化管理，包括信息下載、記錄提交、網上審核。不同部委的國家項目在相應的網站上提交立項申報、階段成果督察評估報告等。其中，重大專項通過OA系統(tǒng)鏈接的國家科技重大專項管理信息系統(tǒng)進行科研管理及經費管理，并進行中期檢查；縱向、橫向、院控項目通過勘探開發(fā)研究院科研管理系統(tǒng)（簡稱：科技網）進行管理。項目管理過程的記錄通過科技網提交。
研究部門根據承擔的科研生產項目，每季度對科研生產項目管理流程的執(zhí)行情況進行一次部門自檢；科研（生產）管理部每季度對各部門執(zhí)行情況進行一次日常檢查；質量標準化室每半年對各管理（公益）、研究部門履職情況進行一次監(jiān)督審核。其中：部門自檢和日常檢查通過科技網進行，監(jiān)督審核通過OA系統(tǒng)中的QHSE審核子模塊實現（該系統(tǒng)已與科技網實現鏈接）。
可通過績效量化考核，強化項目過程管理效果。在考核方面，提高了科研質量管理和項目過程管理的考核權重，對項目立項論證、中期檢查、驗收評價等環(huán)節(jié)，提出了考核目標要求。對各個時間節(jié)點管理、三級質量控制管理等提出了明確的管理要求。年終，考核部門依據有關流程的要求，根據項目在立項論證、中期檢查、驗收評價等環(huán)節(jié)的三級質量管理及時間節(jié)點的監(jiān)督檢查結果進行目標考核。兩年來，全院項目質量明顯提高，未發(fā)生重大質量問題，項目質量優(yōu)良率大于90%，項目年度任務完成率100%，中期檢查平均分高于中石化平均水平。
對監(jiān)督檢查過程中發(fā)現的問題，由責任部門及時組織整改，管理部門驗證整改效果。例如，2011年通過各級檢查，發(fā)現科研生產項目管理主要存在三方面的問題：三級質量責任體系之責任人崗位職責執(zhí)行不到位、過程管理中流程執(zhí)行不規(guī)范和節(jié)點管理不守時、外協(xié)項目管理的風險控制缺少相關制度和流程等問題時，科研管理部及時采取了針對性的整改措施。
進一步厘清一體化管理體系中“三級質量保證體系和責任體系”的主體及其職責，輔以信息化管理手段，做實各級審查工作。同時，利用考核的約束作用，對科研部門和專家隊伍簽訂年度目標責任書，明確參與三級質量審查的職責和考核內容。
重新修訂了外協(xié)項目管理細則，將審計發(fā)現的問題在制度中作了補充，并在外協(xié)項目的管理中加強流程的執(zhí)行，從而規(guī)避了上述問題的再次發(fā)生。
